1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家属旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机反叛举事，不意却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒管束，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校门生陈永仁（余文乐）渗入倪家举行长期的卧底事变，而韩琛为了牢固权势，早在警员内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，奇迹如日方升的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举毁灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商量相助撤除倪永孝的事件，不久却发明此举铸成大错，而各自为本身的难过身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。